Les cours d’eau marquent fortement les paysages dans la région du Rhin Supérieur, où ils revêtent par ailleurs une très grande importance écologique et économique. Cependant, ces milieux subissent aussi significativement les impacts des activités humaines. La qualité des cours d’eau est altérée car ils reçoivent généralement des apports excessifs de substances nutritives provenant de l’agriculture, de l’industrie et des villes. Leur structure physique a quant à elle été impactée par des aménagements qui ont engendré des modifications de leur tracé, des berges et de la ripisylve.

Ces changements ont fréquemment pour conséquence la destruction d’habitats essentiels au cycle de vie des organismes aquatiques, et une diminution de la continuité longitudinale qui impacte à la fois la migration d’espèces de poissons et l’étendue de leur domaine vital. Ces changements modifient le bouquet naturel des services écosystémique (SES) rendus par la biodiversité des cours d’eau. Cette notion de biodiversité recouvre la diversité des espèces, mais aussi la diversité génétique, c’est-à-dire la diversité des gènes entre individus d’une population. Une diversité aquatique importante (diversité des espèces et diversité génétique) assure pourtant un potentiel d’adaptation aux conditions environnementales changeantes (résilience), que ces modifications soient induites par l’homme ou par la nature elle-même.

Les restaurations et renaturations des cours d’eau constituent des solutions pour rétablir ou améliorer la qualité des habitats des cours d’eau, favorisant ainsi la biodiversité aquatique et ses services associés.